1946年,国民政府重组中统特务组织,剩余的中国宪兵被任命为中统教官,有的甚至在渣滓洞集中营供职服役。(一所监狱专门关押革命党员)
1949年后大部分逃往台湾,解放后少数被镇压枪杀。逃往台湾的那部分迅速成为台湾特务的中坚力量,在解放后50多年的两岸特务战争中发挥了重要作用。
在抗战中损失惨重的宪兵队的最后一个任务非常臭名昭著,那就是准备刺杀毛泽东。
毛泽东主席
但是,由于宪兵内部的思想分裂,一些人不愿互相打架,反对暗杀;有些人坚决执行命令,进行暗杀。最终,实施暗杀行动的宪兵队在暗杀行动中被中共中央近卫军彻底歼灭。
似乎只有少数人逃脱了。这些人后来继续在国民党一方从事间谍活动。那些因为反对暗杀而没有参加行动的宪兵队成员也被分成了两派。一个是赞成共产党,最后去了延安。
由于宪兵队是蒋介石的卫队,所以选拔队员非常严格,政治上完全是国民党。但是,由于宪兵兵素质高(都读过书),结合当时的实际社会情况,很容易在思想上偏向共产党。最终,共产党的地下组织得以发展并在宪兵队开展活动。
但是,由于宪兵队的特殊性,宪兵队的中共地下组织很快就被曝光了。组织曝光后,这些宪兵队的地下党员在南京雨花台基本被国民党枪杀。现在,雨花台革命烈士纪念馆一楼的最后一个部分是宪兵中共烈士展示区。